На территории района, на торфяном болоте Голубев Мох находится исток реки Десна. Также по территории района протекают следующие реки: Ужа — левый приток Днепра, исток северо-западнее Ельни, Стряна — правый приток Десны, Угра, Усия, Демина.
Образование Ельнинского уезда относится к 1775 году. В 1796 году был расформирован, в 1802 году создан вновь.
В 1928 году уезд был упразднён и в 1929 году создан Ельнинский район.