Даниил Петрович Коваленко родился 7 апреля 1900 года в Сумах.
Окончил Киевский художественный институт, позднее также окончил Киевский инженерно-строительный институт.
С 1924 года занимался архитектурной деятельностью, до начала Великой Отечественной войны работал в Молдавской ССР, проектировал здания в Тирасполе и Кишиневе. С началом войны ушёл в действующую армию, воевал на Воронежском фронте.
В ноябре 1943 года Главное инженерное управление РККА откомандировало Коваленко на восстановление разрушенного войной Смоленска.
С 1952 года являлся главным архитектором Смоленска. Руководил восстановлением большого количества зданий в городе, в том числе: здания Дома Красной Армии на улице Большая Советская (ныне — старый корпус Смоленской сельскохозяйственной академии), ряд жилых домов по улицам Ленина, Большая Советская, Дзержинского, Тухачевского и так далее. За восстановление "дома с часами" Коваленко был награждён премией на конкурсе РСФСР. Многие здания, спроектированные и восстановленные под руководством Коваленко, являются памятниками архитектуры регионального и федерального значения.
Также Коваленко проектировал памятники, посвящённые Великой Отечественной войне, в том числе "Курган бессмертия", "Штык", "Танк". Картины и рисунки, выполненные им, неоднократно выставлялись на различных выставках. Неоднократно публиковался в газетах и журналах, издал книгу "Смоленск завтра".
В течение 12 лет был депутатом Смоленского горсовета и членом исполнительного комитета горсовета.
В 1968 году присвоено звание "Заслуженный архитектор РСФСР"
Умер 9 марта 1992 года, похоронен на Братском кладбище Смоленска. В Смоленске по по адресу Бакунина, дом 13, где жил Коваленко с 1949 по 1992 год, 4 апреля 2025 года установлена памятная табличка с бюстом.