Деревня Шеболтаево располагается в Пречистенском сельском поселении Духовщинского района.
Расположена в 48 километрах к северу от районного центра Духовщны.
В годы Великой Отечественной войны деревня была оккупирована гитлеровскими войсками в июле 1941 года, освобождена в сентябре 1943 года.
В 2017 году население составляло 14 человека.