Деревня Никишкино располагается в Пречистенском сельском поселении Духовщинского района.
Расположена в северной части области в 42 км к северо-восток от районного центра Духовщина, на берегу реки Смердячка.
В годы Великой Отечественной войны деревня была оккупирована гитлеровскими войсками в июле 1941 года, освобождена в сентябре 1943 года.
В 2017 году население составляло 1 человек.