Деревня Мархоткино находится в Ушаковском сельском поселении Дорогобужского района Смоленской области.
Известно как минимум с 1621 года.
В 1818 нгоду в деревне М. А. Хлюстиным построена каменная церковь. Мархоткино становится селом. В своё время селом владели, Дубинские, Каминские, Цыклеры, Шереметевы, Шепелевы, Хлюстины, Базилевские.
В конце 19 века открыто министерское училище.
В годы Великой Отечественной войны деревня была оккупирована гитлеровскими войсками в октябре 1941 года, освобождена в сентябре 1943 года.
В 2007 году население составляло 91 человек.