Пётр Устиновчи Якуненков родился 25 октября 1928 года в деревне Высокая Жарь (ныне — Руднянского района Смоленской области).
В 1940 году окончил пять классов неполной средней школы в деревне Лешно Руднянского района.
С 1943 года работал колхозником сельскохозяйственной артели "Вперёд к коммунизму".
В 1948-1951 годах проходил срочную службу в Советской Армии. Вернувшись на родину, в течение двух лет работал на торфопредприятии и Руднянском льнозаводе.
В 1954 году Якуненков окончил курсы трактористов, работал по специальности в Зарубинской машино-тракторной станции.
В ноябре 1954 года он возглавил полеводческую бригаду колхоза имени Н. М. Шверника, в 1959 году — комплексную бригаду колхоза "Советская Россия" Руднянского района, руководил последней до самой своей смерти.
Хорошее знание техники и умение правильно её использовать, новаторство в производстве, работа с коллективом Якуненкова позволили добиться увеличения урожаев зерна, картофеля, льна и продуктов животноводства. Ежегодно на протяжении многих лет бригада Якуненкова получала до 30 центнеров зерна, 7 центнеров льна, 200 центнеров картофеля с каждого гектара колхозной земли.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 июня 1966 года за "выдающиеся заслуги в развитии сельского хозяйства" Пётр Якуненков был удостоен высокого звания Героя Социалистического Труда.
Активно участвовал в общественной жизни Смоленщины, избирался членом Руднянского райкома КПСС, депутатом сельского и районного Советов народных депутатов.
Умер 29 ноября 1990 года, похоронен на кладбище в деревне ВысокаяЖарь.