Балтин Эдуард Дмитриевич родился 21 декабря 1936 года в Смоленске.
Учился в 1-я Бадтийском высшем военно-морском училище в 195401956 годах, окончил Каспийское высшее военно-морское училище имени Кирова (1956—1958). В 1959 вступил в КПСС.
Службу проходил: командиром БЧ-3 сторожевого корабля "Куница" (10.1958-10.1960), командиром торпедной группы (10.1960-09.1961), командиром БЧ-3 (09.1961-12.1962) ПЛ "С-65", командиром БЧ-3 ПЛ "С-234" (12.1962-05.1964) Северного флота, стажёром на судах Минморфлота СССР (05.1964-09.1965), командиром БЧ-3-помощником командира ПЛ "С-151" (09.1965-04.1966), помощником командира ПЛ "С-384" (04.-12.1966), старшим помощником командира ПЛ "С-74" (12.1966-1967) Северного флота. Окончил Высшие специальные офицерские классы ВМФ (1967—1968). Службу проходил: старшим помощником командира 353-го экипажа ПЛ (09.-12.1968), командиром ПЛ "С-310" (12.1968-04.1969) Черноморского флота, старшим помощником командира ПЛ "К-249" (04.1969-06.1971), командиром ПЛ "К-418" (06.1971-09.1973) Северного флота.
Окончил Военно-Морскую Академию (1973-1975).
Службу проходил начальником штаба 13-й дивизии ПЛ Северного флота (1975—1978).
Окончил Военную Академию Генерального штаба Вооружённых Сил имен иВорошилова (1978-1980). Службу проходил: начальником штаба (06.1980-02.1982) и командиром (02.1982-10.1983) 41-й дивизии ПЛ Северного флота.
9 октября 1981 года указом Президиума Верховного Совета СССР за мужество и отвагу, проявленные при исполнении специального задания командования, капитану 1 ранга Балтину Эдуарду Дмитриевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 11460). 17 февраля 1982 года присвоено воинское звание "контр-адмирала".
В октябре 1983 — ноябре 1987 — командующий 2-й флотилией ПЛ Тихоокеанского флота.
В ноябре 1987 года назначен на должность 1-го заместителя командующего Тихоокеанским флотом. 7 мая 1989 года присвоено воинское звание "вице-адмирал".
В декабре 1992 года, после долгих консультаций между Россией и Украиной, вице-адмирал Э. Д. Балтин был назначен командующим Черноморским флотом как кандидатура, устраивающая обе стороны (утверждён в должности в январе 1993). Участвовал в миротворческих акциях. Выдающейся заслугой адмирала Э. Д. Балтина стала предпринятая во многом под его личную ответственность (из-за боязни высшего политического руководства страны) операция по эвакуации мирного населения из зоны военного конфликта между Грузией и Абхазией в 1993 году. Для обеспечения эвакуации в Абхазии был высажен морской десант, занят и оборудован прибрежный оборонительный район, ставший центром операций по спасению и вывозу в Россию тысяч мирных жителей. Командуя миротворческим военным контингентом, спас от смерти главу Грузии Шеварнадзе, который вскоре "отблагодарил" адмирала, назвав его пособником абхазских сепаратистов и врагом Грузии. За успешное проведение этой операции адмирал Балтин был награжден именным оружием, а позднее орденом "За заслуги".
В сложный период переформирования и раздела флота между Россией и Украиной адмирал Э. Д. Балтин добивался того, чтобы содержание кораблей в составе сил постоянной готовности выдерживалось в пределах установленной нормы, планы боевой подготовки и несения боевой службы выполнялись. Его твёрдая и принципиальная позиция завоевала огромное уважение на флоте и в широких кругах российского общества, но и сделала его объектом травли со стороны грузинских и украинских националистов и руководства Украины.
В январе 1996 года был неожиданно отстранён от должности.
В ноябре 1996 года уволен в запас. Преподавал и вёл научную работу в Военной академии Генерального штаба Вооруженных сил.
Кандидат военных наук, доцент.
Скончался на 72-м году жизни 7 октября 2008 года в Москве. Похоронен на Братском кладбище горда Смоленска.
В 2009 году имя адмирала Э. Д. Балтина было присвоено средней школе № 13 города Смоленска. Установлена мемориальная доска.